BioInfoServ OS

Specially for BioScience and Home using



bioinfoserv


手册基于Ubuntu/Xubuntu和hiweed-linux Desktop帮助手册改写,版权归 © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Canonical Ltd.(Canonical有限公司)、Ubuntu、© 2006, 2007,2008 HiweedLinux和© 2006, 2007,2008 BioInfoServ Team文档项目成员。关 于BioInfoServ OS更多细节,可查看http://www.bioinfoserv.org
1.系 统说 明
2.系统安装手册
3.系 统软件特性

4.BioInfoServOS 定制教程
  1. 生物(信息)软件
  2. 办公软件
  3. 文献管理
  4. 文档阅读
  5. 文件管理
  6. 语言词典
  7. 图片工具
  8. 媒体工具
  9. 光盘工具
  10. 网络工具
  11. 下载工具
  12. 开发工具
  13. 磁盘工具
  14. 三维桌面
  15. 虚拟模拟
  16. 运行环境
  17. 系统管理
  18. 压缩工具
  19. 系统安全
  20. 站点服务
  21. 数据库
  22. 行业软件
windows与BioInfoServO软件对应列表


说明本软件列表为windows和Linux系统平台软件对应,目的使您能尽 快接触和了解linux平台下的优秀软件,并能平滑过渡到Linux系统。
本表不对各软件功能进行评价,因为功能根据需求而定。

1. 办公软件

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
Word, PPT, Excle,公式 Microsoft Office openoffice.org, EioOffice, Goolge Doc
笔记 Microsoft Office OneNote Notecase, BasKet NotePads,
桌面wiki - Zim desktop wiki, Newton

排版

Scribus

编 辑器

Ultraedit

vim

日 程安排 rainlendar for windows Personal Planner rainlendar Pimlico, gLabels

2. 文献管理

功 能 windows 系统 BioInfoServOS系统
文献管理 ReferenceManager, EndNote Bibus, JabRef, KBibTeX , BibTool, Referencer

密码管理

Revelation

3. 文档阅读

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
PDF阅读 Adobe acrobat reader Foxit adobe acrobat reader for linux, FoxitEvince, Xpdf, ePDFView, KPDF

PDF打印

PDFCreator

openoffice.org PDFCreator

ps  CAJViewer -
维普 vipbrowser -
书生之家 书生阅读器 -

帮助文件

chmReader2003

Chmsee, CHM Reader

4 文件管理

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
文件管理器 TotalCommand
桌 面搜索 GoogleDesktop beagle searchMonkey gpycds
文件比较 beyond Compare , KDiff3
文件目录树 JR Directory Printer Utility Directory Printer baobad
文件命名 Batch Rename bulk rename
文件备份 Unison

5 语言词典

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
字典、词典 Kinsoft xdict, Zhongwen Clavisinica , stardict dictd hanzim
单 词记忆 轻 轻松松背单词 reciteword

6.图片工具

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
Mind mapping FreeMind xfig
Draw diagrams Microfot Visio Dia Kivio
图片查看 ACDSee Gqview gthumb
图片编辑 PhotoShop gimp
图片管理 Adobe PhotoAlbum,picasa picasa for linux, f-spot digiKam
屏幕抓图 SnapShot Ksnapshot

颜色拾取

ColorSpy

gcolor2

7. 媒体工具

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
音乐影视播放  windows media player, Realplayer, windDVD 6 beep, style="color: rgb(0, 102, 0);"> Amarok Audacious vlc mplayer totem realplayer for linux, ,
网络电视 sopcast
视频录像 CamtasiaStudio Flash Cam dvt-qt, Istanbul Desktop Session recorder tvtime
媒体编辑

moviesmaker Aurora Media Workshop

PiTiVi

格式转换

8. 光盘工具

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
光盘刻录 Nero Burning ROM GnomeBaker, K3b, Nerolinux
光 盘加载 Daemon Tools GmoutISO (简易脚本) , AcetoneISO
光盘ISO编辑 UltraISO isomaster
DVD/CD提取 streamboxripper DVDShrink Ripperx K9Copy

9. 网络工具

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
浏览器 , for windows, style="text-decoration: none; font-weight: 400;">Mozilla web brower for windows, firefox, Mozilla web brower, opera, lynx
离线浏览器 webZip webTTrack,gwget,grsync
拨 号器 星 空互联 dsl/pppoE
邮件客户端 , Sylpheed claws
聊天工具 Tecent QQ, MSN, GoogleTalk, skype mIRC NetMeeting Amsn, eva, Lumaqq, Gaim, Kopete, Topioca, xchat IRC, Wengo Phone, skype Ekiga

10. 下载工具

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
多线程下载 flashGet dowloader for x, Multiget, Prozgui
FTP 下载 CuteFTP Gftp, FileZilla, FireFTP CrossFTP
点对点下载 emule, , azureus Amule, azureus, mldonkey
流媒体下载 StreamBox Net Transport 直接采用命 令:mplayer url -dumpstream -dumpfile theSaveName

11. 开发工具

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
集成开发 VisualASM Komodo IDE PHPEd Eclipse Komodo IDE
网 页编辑 Microsoft Frontpage Dream weaver firework nvu Bluefish Emacs
XML编写 xmlBlueprint XML Editor Mozilla Composer
CSS编写 Rapid CSS cssed Editor
界面设计 powerbuilder Glade Interface designer, Gazpacho Interface designer
数据库开发 Orcle SQL Developer  
正则表达式   ^txt2regex$

12. 磁盘工具

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
分区工具 PartionMagic parted, disks-admin
磁 盘修复 MHDD mondo
磁盘镜像 Norton ghost clonezilla
数据恢复 EasyRecovery testdisk, PhotoRec BakBone Software

13. 三维桌面

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
三维桌面 SphereXP, lg3d beryl/ compiz+ xgl, lg3d

14. 虚拟模拟

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
系统虚拟机 Vmware Virtual PC Vmware player,virtual box
跨 平台移植 Colinux, CygWin Easy wine, Crossover Office, HiweedlayerCedega

15. 运行环境

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
Java运行环境 j2re, j2sdk j2re, j2sdk
Python 运行环境 python python
perl运行环境 perl perl
php运行环境 php php
ruby运行环境 ruby ruby
c语言环境 WIN-TC Tiny C

16. 系统管理

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
硬/软件测试 Everest hardinfo,
启 动配置 msconfig (系统自带) sysv-rc-conf, bootup-manager,xubuntu-services
设备管理 系统自带 hal-device-manager
系统驱动配置器 - xorg-editorx.org setrp
注册表 regedit(系 统自带) gconf
字体管理 Font Print Magic dfontgr
系统清理 TuneUp Utilities EasyCleaner regclean Kleansweep
软件包管理 系统自带 getdep,revome orphone packages, synaptic,apt
程序关联 - Alternatives administrator
系统美化 TuneUp Utilities Talisman Atmosphere Deluxe gnome-art
输入法 GooglePinyin wubi scim
Doker objectdock Kx-docker
系统光盘制作

reconstructor, uck

启动菜单管理   StartUp Manager

 17. 压缩工具

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
压缩工具 winrar, winzip xarchiver, file-roller, PeaZip

 18.系统安全

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
杀毒软件 kaspersky antivirus Avast!
防 火墙 kaspersky firewall FireStar
SSH登录 SSH client
远程桌面 mstsc(系统自 带) redesktop

19. 站点服务
功能 windows系统 BioInfoServOS系统
web服务器 IIS Apache
FTP 服务器 Serv-U Gproftp
内容管理 xoops, Mambo xoops, Mambo
整站服务  FoxServ

20. 数据库

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
数据库 Microsoft SQL Server Oracle for windows Mysql, Postgresql,
数 据库管理工具 SQL Explorer2000 Myql administartor,PHPMyadmin,

21. 行业软件

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
三 维建模 3D Studio Max AotoCAD K-3D, Wings 3D, Art of Illusion ,Blender

注:行业软件实在太多,本单元列表,只简单列举几个。

22. 生物(信息)软件(在Linux下的生物软件奇多,仅仅列举一些在BioInfoServDeb仓库中具有的生物软件)

功能 windows系统 BioInfoServOS系统
生物(信息)软件管理 - InfoServFaster
序列处理 BioEdit SeqnConverter Sequence Manipulation Suite , biomode, readseq
DNA分析 DNAMan, GDASSRHunterSNPHunter BioLign JaMBW, BlastnArtemis, ACT, BCM Search Launcher,iCE CLC DNA Workbench
RNA分析 CLC RNA Workbench, siRNA online design RNAstructureXRNA, loopDloop,SStructViewCLC RNA Workbench
蛋白质分析 MPEx Blastp, CLC Protein WorkbenchPIVOTPATOsprey, DomainFinder
序列/比对综合分析 jemboss, staden
结果显示 seaview for windows,GeneDoc seaview, Clustx
系统进化 PAUP mesquite, ape, phylip, molphy, TreeView
分子模拟 AutoDock Tools Discovery StudioInsight II, ADT, PyMOLRasMol2
基因设计 DNA2.0 Inc IBGDesktop, Gene Designer
基因组可视化 Appolo
生物数据库 Bionumerics BioWarehouse, ACEDB
数据统计 SPSS SAS SciLab,Web Mathematics, octave R Maxima
生物芯片 ArrayVision FASTBioDiscoveryGAASBullfrob and Spot J-Express proGenePattern,GeneSpring, oligoarrayaux, oligoarray
PCR相关软件 Primer Premier perl primer, primer3 e-PCR 
质粒绘图 pDRAW A Plasmid Editor
其他 bioperl biopython,ImageJ


BioInfoServ Project Team (c) 2008