桌面Linux生物信息作业平台 :: 论坛

回复: 这个网站关闭了吗？ [作者 admin]

Wed, 20 Oct 2010 15:05:59 +1500

生物信息系统BioInfoServOS:: 这个网站关闭了吗？
站点没有关闭，只是网络一直不好，而且我们也并不是一点没更新，只是更新少而已，因为，我们在进行新的更新计划。

关于下载的东西，我们已经进行了修复。

回复: 如何调整屏幕分辨率 [作者 admin]

Sat, 17 Jul 2010 12:48:13 +1500

系统安装、升级与配置:: 如何调整屏幕分辨率
设置屏幕分别率等系统硬件方面的问题，是需要管理员权限的。如果您想把此权限解放出来，那么就需要将您的账户进行设置，以便普通用户能具有这种权限。具体的办法是，打开“用户和组”，然后点击“解锁”，再切换到“群组”设置，此时，您会看到各种系统服务和硬件组名，单击你需要修改的组名，然后将您的用户名打上勾即可。

回复: 支持bt或使用其他下载软件下载吗 [作者 admin]

Sat, 17 Jul 2010 12:43:03 +1500

抱怨和建议:: 支持bt或使用其他下载软件下载吗
不太明白您说的意思，本站软件尚未提供bt下载方式。我们的软件或文档采用的http方式提供下载服务，可采用任何支持该协议的下载软件来下载。

回复: firefox下载东西后不能打开其所在的文件夹，或者文件 [作者 admin]

Fri, 09 Jul 2010 13:33:23 +1500

故障提交和排除:: firefox下载东西后不能打开其所在的文件夹，或者文件
这个应该是firefox的配置问题，可如下解决：

打开firefox，由“编辑“——>”首选项“——>"应用程序“:

此时您可看到这对各种文件的打开应用程序配置。稍微摸索一下，即可解决。

BioInfoServ 4.0可能的特性 [作者 admin]

Fri, 16 Apr 2010 16:26:55 +1500

生物信息系统BioInfoServOS::[报告] BioInfoServ 4.0可能的特性
由于最新即将推出的xubuntu 10.04在运行速度和系统特性上xubuntu 8.04有了极大改善，因此，BioInfoServ 4.0以开始基于这个LTS版本进行相关的开发与制作。

1、更为合理的程序菜单呈现（届时会推出xfce桌面和gnome桌面的程序菜单替换包）

2、BioInfoServ 4.0届时将会默认开启3D桌面特效以及基于cairo-dock的桌面环境

3、更多的生物信息软件deb包制作及其相关使用手册。

....更多的特性，请您跟帖提出....

回复: 如何解决BioInfoServOS下的办公软件？ [作者 admin]

Fri, 16 Apr 2010 16:14:57 +1500

办公软件:: 如何解决BioInfoServOS下的办公软件？
目前，2009版的永中Office有可更好的表现。通过在Xubuntu 10.04下的测试，运行速度有了极大的改观，且兼容office 2003的格式也有了更好的展示。

另外，huangjiahua所定制的wine版本的2007其运行速度和稳定性上也有了实质性的改变。

具体的下载地址在http://deb.bioinfoserv.org/BioInfoServDeb/Version4.0-YuleSmart/office/

回复: 3.0升级版3.02释放 [作者 admin]

Sat, 06 Mar 2010 14:20:19 +1500

生物信息系统BioInfoServOS:: 3.0升级版3.02释放
意见提得很好。我们也一直在注意这个方面的问题，也希望为此提供一些解决办法：比如，我们的支持文档和系统文档，提供了基本的Linux知识，也提供windows用户如何迁移到这套系统之中。

但显然这些都还不够，我们原本着手编写一本内容详尽的有关本系统安装使用以及Linux下的生物信息软件安装使用手册，但由于各种因素，一直没有进行。或许，在下一个版本推出的时候，这些方面能有一些进展。当然，我们也希望大家能热心加入，推动早日完成。

另外，还需要提及的是，希望新手敢于去试用和使用看起来很陌生的东西。同时，尝试新东西的过程实际上就是自己发现自己、超越自己的过程。而且，这个过程你会学习到一些新的思维和使用习惯（老实说，windows系统基本将很多人的思想禁锢了，导致很多人犯懒，不愿意面对新的操作系统，不愿意去学习更美妙的东西。实在毒害人不浅！）。当然，面对信新手，我们也提供了系统文档和一些帮助文档，希望能帮助他们尽快地步入这个美妙的世界。

1. BioInfoServ Linux系统新手?

什么是Linux？

Linux 分区知识

Linux 系统目录（文件系统）

2. BioInfoServ -Linux for Biologists and normal users!

介绍
关于BioInfoServ的名称
自由软件
BioInfoServ的独特之处
BioInfoServ 桌面系统 我需要的生物信息软件呢？
版本和发行号
支助和支持

3. 我是windows系统用户

迁移到BioInfoServ系统的准备
移植数据到BioInfoServ中
安装前的分区知识准备
安装BioInfoServ系统
BioInfoServ有哪些软件适合我？

4. 文件、文件夹和文档

5. 获悉您的桌面环境

普通桌面及三维特效
文件浏览
桌面配置
问题和解答

无法用键盘快速定位文件？ [作者 admin]

Sun, 28 Feb 2010 11:34:25 +1500

故障提交和排除::[已解决] 无法用键盘快速定位文件？
在系统下，通过键盘字母快速定位文件是一个效率高超的操作方式。但您可能会发现，有时它会失效。具体问题出现在哪里呢？

其实，通过键盘字母快速定位磁盘中的文件，其工作原理与系统文件管理器thunar和输入法有关。

thunar配置的文件主要为/home/$USERNAME/.config/Thunar/thunarrc
和/home/$USERNAME/.config/Thunar/accels.scm
。如果，您不能在这两个配置文件中发现冲突问题，那么看看和输入法的相关设置。

例如，在BioInfoServ中，scim的主要配置文件在/etc/X11/xinit/xinput.d/scim中，找到

GTK_IM_MODULE=xim
QT_IM_MODULE=xim

将其修改为

GTK_IM_MODULE=scim
QT_IM_MODULE=scim

随即，注销系统，然后重新登录系统。此时，您再试试采用键盘字母来快度定位磁盘中的文件，功能应该得以恢复。

视频工具skype的视频问题 [作者 admin]

Tue, 15 Dec 2009 05:42:03 +1500

网络工具::[推荐] 视频工具skype的视频问题
有很多认反应skype视频工具，安装最新版本20.beta后，进行视频时，程序会自动崩溃关闭。而在选项设置中，进行视频测试时，发现花频。其实，这是视频驱动出现了问题，解决办法如下：

重新加载老版的v4l1compat.so动态库文件，编写下面的脚本：

#!/bin/bash
export LD_PRELOAD=/usr/lib/libv4l/v4l1compat.so
skype

然后，将其保存为skype_hacking。

随即，将这个skype_hacking文件设置为可执行文件，并拷贝到/usr/bin/目录下：

设置其为可执行文件的命令为：sudo chmod +x skype_hacking，或者，鼠标移动到该文件上，单击右键，选择“属性”，在“权限”标签中勾选“允许此文件以程序来执行”。

然后，更新菜单文件：打开/usr/share/applications/中的skype菜单，将其中的exec=skype修改为exec=skype_hacking，然后保存即可。

如果你的系统中没有v4l1compat.so，可下载http://people.atrpms.net/~hdegoede/libv4l-0.5.0.tar.gz

随后将其解压，然后进入到解压目录中安装，查看其安装帮助进行安装。

此外，这个帖子可能帮助。

回复: 如何设置环境变量？ [作者 admin]

Sun, 13 Dec 2009 03:03:23 +1500

故障提交和排除:: 如何设置环境变量？
你给我们的来信所提及到的，我们贴在此处，并进行解答，希望能对其他人有帮助：

在2009-12-09，"guang******"  写道：

刘老师，

我现在想用一个linux下的软件：
软件所在网址：
http://www.fishgenome.org/bioinfo/godiff/index.htm
由于这个软件具有批量处理功能，主要是用来处理手头上的一些est序列。但是我对于linux怎么安装这个软件还是摸不到门，虽然看到了说明书，但是关于如何解压，解压到什么比较好的位置，怎么设置环境变量等都不懂，这也可能是很多linux初学者畏惧她的原因，像windows，我都会去尝试很多东西，不知不觉学会了使用，而且感觉也很有趣和傻瓜。linux总感觉像个严肃的教授！使人敬而远之～，刘老师能否指点一二，我也想在使用中学好linux.下面我拷贝了说明书中的安装部分，刘老师能否一步一步启蒙地教我一下啊，谢谢了！
1.Install GO-Diff
    1) Download the package and uncompress it by typing: tar -xvf godiff_v1.0.tar
    2) Set the environment variable GODIFF_ROOT to where you have the
        GO-Diff directory on your system.
    Assuming you have unpacked the GO-Diff distribution in your home directory:
    bash and other sh-compatible shells:
      export GODIFF_ROOT=$HOME/godiff
    csh-compatible shells such as Korn shell and tsch shell:
      setenv GODIFF_ROOT $HOME/godiff
    Or you can add such a line to your shell initialization files for conveniences.
非常感谢了！！
jame

答:

首先这个软件不需要安装，只需要将软件下载后，解压到你的用户目录下，然后声明环境路径即可。

假定您的用户名为jone，软件解压后的路径保存路径在/home/jone/godiff，可如下设置：
sh终端命令为：export GODIFF_ROOT=/home/jone/godiff 如果采用csh终端，则命令为： setenv GODIFF_ROOT /home/jone/godiff

至于执行程序，则可如下进行：

进入/home/jone/godiff目录下，然后执行:

cd /home/jone/godiff/bin/

再继续执行其目录下的程序即可，如：

./x_godiff
./x_godiff.pl

祝顺利！

刘老师，

非常感谢您的回信，按照您说的，利用sh终端命令
export GODIFF_ROOT=/home/jone/godiff，只不过我的是系统默认的根用户（不好意思，还不知道怎么创建新用户），
bioinfoserv＠bioinfoserv-desktop:export GODIFF_ROOT=/home/godiff 声明环境路径（变量）
bioinfoserv＠bioinfoserv-desktop:env 查看环境变量设置是否成功
bioinfoserv＠bioinfoserv-desktop:cd /home/jone/godiff/bin/ 进入bin目录
bioinfoserv＠bioinfoserv-desktop:cd /home/jone/godiff/bin/$./x_godiff 执行程序
突然桌面跳出godiff图形画面，非常棒！
美中不足的是当我用./x_godiff.pl时系统显示失败，可见截图。不知道出了啥问题。刘老师有空的时候可帮忙看一下。总的来讲，呵呵，有点感觉了，尤其是
你说的设置环境变量实际上就是声明环境路径，说到点子上了！
再次表示感谢！
祝工作顺利！

从你的终端命令提示符（bioinfoserv＠bioinfoserv-desktop）可以看出，你默认的用户名为bioinfoserv，所以，相应的命令应为：

export GODIFF_ROOT=/home/bioinfoserv/godiff
cd home/bioinfoserv/godiff/bin/
./x_godiff

这样试试后，你再看看还有什么问题。终端执行程序命令的好处，就是能看出程序在执行时出现了什么问题。这是完全的图形执行界面所不具备的。通过终端输出的错误提示，可以知道如何进行下一步的解决。

另外，从你的截图可以看出，程序还需要gtk.pm这个支持文件。如果不知道那个软件具有这个库文件，那么在终端下试试命令：

apt-file search Gtk.pm

这样，会找到相应的软件包，如libgtk-perl或者libgnome-perl，然后利用sudo apt-get install libgtk-perl进行安装，这样gtk.pm就在系统安装完成。

至于创建新的用户，在系统菜单里，有一个“用户和组”，你找找。利用这个图形工具，可以创建。