软件仓库是一个软件集散地（或者某些专业软件的集合地），它允许您通过互联网和相关管理工具（如Synaptic、apt和gnome-app-install）很容易进行下载和安装软件。

值得说明的是，BioInfoServ基于Debian和Ubuntu，特别是Xubuntu Linux，因此deb类型的软件包（来自debian和Ubuntu）都可以安装。在标准的Ubuntu/Xubuntu软件仓库中，通常把软件分为Ubuntu许可证下的主要软件（Main）、具有系统意义的限制性软件包（Restricted）、 社区维护下的软件包（Universe）和非自由软件包（Multiverse）。在BioInfoServ官方的软件包中，并没有按这个标准进行分类，而是按软件功能来组织软件仓库（当然，它们之中有些具有Ubuntu许可，有些是限制性的，有些是社区维护的，有点是非自由软件）。

北美洲
    *  http://mirrors.kernel.org/ubuntu 
    *  http://ftp.osuosl.org/pub/ubuntu 
    *  http://lug.mtu.edu/ubuntu 
    *  http://ubuntu.mirrors.tds.net/ubuntu 
    *  http://ubuntu.secs.oakland.edu 
    *  http://mirror.mcs.anl.gov/pub/ubuntu 
    *  http://mirrors.cat.pdx.edu/ubuntu 
    *  http://ubuntu.cs.utah.edu/ubuntu 
    *  http://ftp.ussg.iu.edu/linux/ubuntu 
    *  http://mirrors.xmission.com/ubuntu 
    *  http://mirrors.cs.wmich.edu/ubuntu 
    *  http://gulus.USherbrooke.ca/pub/distro/ubuntu 

亚洲

    *  http://kr.archive.ubuntu.com/ubuntu
    *  http://mirrors.163.com/ubuntu/  
    *  http://th.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://mirror.lupaworld.com/ubuntu 
    *  http://kambing.vlsm.org/ubuntu 
    *  http://ubuntu.mithril-linux.org/archives 
    *  http://mirror.in.th/ubuntu 
    *  http://mirror.rootguide.org/ubuntu 

非洲

    *  http://za.archive.ubuntu.com/ubuntu 

欧洲

    *  http://cz.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://dk.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://es.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://ge.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://gr.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://hr.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://mt.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://nl.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://no.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://se.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://yu.archive.ubuntu.com/ubuntu 

澳洲和大洋洲

    *  http://nz.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://nz2.archive.ubuntu.com/ubuntu 
    *  http://ftp.iinet.net.au/pub/ubuntu 
    *  http://mirror.optus.net/ubuntu 
    *  http://ftp.filearena.net/pub/ubuntu 
    *  http://mirror.pacific.net.au/linux/ubuntu 

更多的镜像源地址，可查询https://launchpad.net/ubuntu/+archivemirrors

下面是Bioinfoserv官方软件仓库地址：

http://deb.bioinfoserv.org/

关于更多的软件仓库介绍及收集，您可查看BioInfoServ官方站点。