BioInfoServ的版本号按照数字顺序进行排序。发行号根据每个版本的开发和构建情况进行具体编排。一般来说，在版本号通常会加具体的系统光盘构建时间。BioInfoServ的第一个版本为1.0，是基于Xubuntu 6.06 (Dapper Drake) 构建开发的。第二版本2.0，基于Xubuntu 7.10 (Gutsy Gibbon )。第三个版本3.0基于Xubuntu 8.04 （Hardy Heron）。......，总之，BioInfoServ版本将基于Xubuntu的长期技术支持版本进行构建和开发。

值得注意到是，尽管BioInfoServ只针对长期支持版本进行发行。但是，基于Xubuntu最新版本的用户，可以通过安装BioInfoserv的一些维护包，来获得它的桌面特性。